ele vai aplicar somente na view que você customizar...
Segue um passo a passo:
- Clique na Aba Theme wizard;
- Selecione a view que você criou (Se não me engano só vai dar para customizar se a view for do tipo list View, é bom confirmar isso....);
- Selecione Simple List em "Select Theme Type";
- Clique no botão Select theme type;
- O Drupal vai gerar pra você três caixas de texto, a primeira, vai fornecer o código que você terá que colocar no arquivo template.php (se não souber que arquivo é esse, veja no site www.drupal.org), o segundo textarea vai fornecer o conteúdo do arquivo que você deverá criar e o nome também, e o terceiro fornecerá o conteúdo do arquivo de estilo que você deverá criar também...na verdade, se você não quiser criá-lo, você pode....você terá apenas que retirar o require que existe dentro do código do segundo textarea.

E é isso...
Cabe salientar que tive alguns problemas com esse módulo.... eu fiz tudo certinho...e a página não aparecia....e depois de correr atrás do problema...vi que o módulo tinha um bug.... e tive que aplicar um patch para funcionar....
segue o link para você dar uma olhada....se precisar....é claro... (http://drupal.org/files/issues/theme-wizard-callback.patch)

[]'s

Rodrigo Maeda